公元1376年，明朝太祖年间，边疆海域海盗倭寇泛滥，特别是兴化府（今福建莆田市）一带更是猖獗，海盗成群，甚至有的公然抢劫官船，虽然后来朝廷镇压不断，但仍不能根除。
话说一日，海波荡漾中，一个中年汉子在海面上随着波浪浮浮沉沉，他双手死死的抓着一块破木板，一个三岁左右的小男孩闭着眼在那木板上躺着，小男孩面容酷似那中年汉子，只是中年汉子国字脸，浓眉大眼的一看便是汉人，而那小男孩却是棕色头发皮肤稍黑，看起来竟然是个混血儿。
中年汉子名叫海大贵，兴化府人，是个水手，常年跟随大船出海，一次远航期间，海大贵跟随的货船行驶到印加的也利客（今印度孟买）海域时遭遇海盗袭击，虽然最终击退了海盗，但货船受损严重，已经不能再远航，船主只好在当地另买了一小型货船，因为船小人多，船长只好拉着剩下健全的水手返航。而海大贵等人因为不幸负伤，船主支付给他们大量的补偿金后离他们而去，走时让他和其余的七名受伤水手一起在当地养伤，并承诺不出两年就回来接他们回国。
海大贵便在也利客住了下来，并认识了一名当地女子可露当娜，当娜照顾他无微不至。海大贵等了两年也没见船主来接他回国，他的身体也早就恢复了健康，海大贵在又等一年未果后便和可露当娜结了婚，第二年更是生了一对龙凤胎。
海大贵给孩子取的汉人名字分别是海龙和海凤，因为不便，所以孩子也还有当地人的名字，男孩叫沙鲁克，女孩叫卡尔维。
又过了三年，孩子们都三岁了，海大贵终于忍受不了对家的思念，毅然带着老婆孩子踏上了回国之路。海大贵乘坐的还是货船，这是一艘当地人的商船，运送当地的特产和大量的珠宝金器去中国换取丝绸瓷器。船在顺利航行了一个月后终于快要抵达兴化府，想着再有一天便可见到家中父老，海大贵激动的眼泪纵横。但是天不遂人愿，就在这时他们的船不幸遇到了海盗，因为彼此装备差距，最终海大贵所在的船只被击中，海大贵抱着儿子更是在惊慌失措的人群中与妻子失散，他的妻子怀里抱着女儿海凤。
海大贵远远的看到海盗登上货船烧杀抢掠，于是抱着儿子跑下船舱，躲在最下面杂物室阴暗的角落里，听着船上面人们的呼喊惨叫声，海大贵强忍者冲出去找寻妻女的冲动，把儿子的头埋在胸前等待着海盗们的离去。渐渐地船上喧哗声越来越小，海大贵慢慢抱着儿子爬上了甲板，甲板上乱糟糟的，到处都是死尸，鲜血流满了甲板，海大贵怕未走远的海盗发现不敢直起身来寻找妻女，于是爬在死尸中扒拉着，死尸中多为男性，妇孺的尸体几乎没有，看来妇孺是被海盗掳走了，海大贵这样想到，但海大贵不死心，仍坚持寻找。
就在海大贵找寻妻女时，只听“轰”的一声，接着船猛的晃荡了一下，船便慢慢往下沉。“不好，海盗要把船打烂到海底。”这是大贵最后的想法，因为恰巧又一颗炮弹落在他身边不远处，这颗炮弹直炸的他和儿子连着一些碎木、尸体飞了起来。在空中大贵便吐血晕了过去，“噗通”落水后被灌了满鼻子水后他又恍惚着醒来，醒来后发现怀里的海龙不见了，这可吓坏了大贵，他一个猛子扎下水去，终于在众多尸体中找到了小海龙，可是海龙已经震晕了过去，口鼻溢血。海大贵找来一块破木板，把海龙放在上面，顾不得再找寻妻女，朝着记忆中兴化府的方向游去。
大贵在海上漂了一夜，渐漂渐游，期间儿子醒来一次，只是喝了些海水后便又昏死过去，大贵心里焦急却无可奈何，只得拼命的游着。就在大贵累的渐渐失去意识，以为自己父子要命丧南海时，一个老渔夫发现了他们俩，把他们救了起来。
大贵昏睡了三天三夜才悠悠醒来，醒来后看到一位老人正在喂食儿子汤水，大贵心里总算踏实了，他为了孩子一直在强撑，这会总算可以放下心来，谁知刚放松身体便难受的咳嗽起来，一咳便停不下来，甚至咳出了血。老人听到咳嗽便走过来对其说道：“你在海水里太久了，又过度累乏，寒气入体，只怕……”大贵心知自己难过此劫，于是从脖子上摘下一个海马龙玉佩对老人说：“我命不久矣，老人家，我姓海名大贵，那是我儿海龙，我们遭遇了海盗，我的妻女更是下落不明。希望老人家帮我将孩子送至南溪镇海家村家父海原平家中，就说孩儿大贵不孝，困至异域六载有余，来世再报父母养育之恩。”老人含泪答应。大贵又指了指海马龙玉佩说：“这是我的护身符海马龙玉佩，我内人的是一块海马凤玉佩，望老人家将海马龙玉佩一并送至我家，我大贵感激不尽……”说完便垂下手臂，阖上了双眼，一滴晶莹的泪滴缓缓滑落。
海龙在老渔夫的照顾下渐渐好了起来，后来身体无大恙后老人便带着他去了南溪镇海家村，只是大贵口中的家已经荒废许久，听村里人说海原平夫妇在儿大贵出海未归两年后便抑郁而终。老渔夫没办法，只好把海龙带回自己家，老人看海龙生的可爱便当做亲生儿子一样照顾……
转眼过了十七年，老人也已经把海龙抚养成人，长大后的海龙更是英俊异常，棕色的头发，棕色的眼睛很是吸引人，很多女孩子都很喜欢他，但海龙今天很伤心，因为养父老渔夫过世了。海龙想起了老人对他说的话：你的父亲是海大贵，十七年前你的父母带着你和妹妹被海盗袭击，你的妈妈和妹妹下落不明，你父亲为救你而死，这是他给你的海马龙玉佩，你的妈妈和妹妹手里有一个海马凤玉佩，你要能寻到她们最好，不过我感觉她们生死未卜，希望很是渺茫啊。
安葬了老人之后，想起老人临终的话，海龙回忆起自己小时候的那段惊恐记忆，他紧紧的攥着海马龙玉佩，心里燃起了一团火，他要灭掉海盗！为父母、为妹妹报仇！
后来海龙毅然投军做起了大明水军，历经五年他不断的跟随海师消灭一波波海盗，因为他内心的一团火，他灭起海盗来心狠手辣，军功越来越多，军衔也越来越高，后来更是得到兴化府水师曹太尉赏识，加封为兴化府水师提督。
公元1398年，明惠宗朱允炆登基，曹太尉举荐海龙，允炆皇帝听闻兴化府南海海域海盗消除大半，龙颜大悦，大大的赏赐了海龙一番，封其为兴化府南海将，官拜五品。
第二年，海龙率军前往南海一个名为海鸥岛附近去击杀一波海盗，这海鸥岛名为岛，其实只是个面积不足两亩大的礁石，平时也就供海鸥落落脚而已。当海龙率兵赶到时却发现那里居然有两拨海盗在互打，其中一方较弱，旗帜为黑骷髅头，就是海龙前来击杀的目标。那么另外一拨海盗是谁呢？海龙遥遥看去，旗帜上是一个大红凤凰，那凤凰仿佛引颈长鸣般，这只海盗正是远近闻名的红凤凰海盗，他们在南海专劫奸商贪官货船，人们称其为“义匪”。传闻红凤凰海盗的大头领是个美女，只是她一直蒙着脸，谁也不知道到底有多美。
海龙虽然钦佩红凤凰的为人，但官盗难和，再好也还是海盗，只要是海盗就要铲除，这就是海龙的想法。于是海龙便按兵不动，静等他们互斗相争，结果不出意料，黑骷髅大败而逃时被红凤凰追上击沉。于是海龙便追击而上，他不认为这样有失大义，对于海盗何义可言。
话说红凤凰看到后银牙暗咬，恼怒而逃，双方你追我赶，海龙紧紧咬着红凤凰的船只不放。最后实在忍受不了，红凤凰毅然调头决战，于是双方便激战开来，这仗打的天昏地暗，最终双方仅剩旗舰船在战，红凤凰抓住时机一炮将海龙旗舰侧身打出大洞，船身倾斜缓慢下沉，数十官兵在海龙的号令下，面色坚毅不带惧色坚持还击，最终也将红凤凰旗舰打沉。
落水后海龙攀上一块木板，看到不远处的红凤凰眼喷怒火，红凤凰刚从水里出来便看到海龙，眼神狠厉间抽出随身细剑，而海龙也抽出随身佩剑，两人又乒乒乓乓斗了起来，正打的难分难解之际，他俩身边突然出现了一个漩涡，原来船身下沉引发了一个海漩涡，惊呼声中红凤凰被卷入其中，可是一只手一下子拉住了她，红凤凰回头望去，居然是海龙，只是海龙的力量无法与海漩抗争，最终双双被卷入海中，在海中红凤凰和他紧紧的握着彼此的手，这时候他们没有了仇恨敌视之心，他们俩慢慢向海底沉去。就在他们以为必死无疑时，突然海龙脖子上的海马龙发起了亮光，而红凤凰脖子上也亮起了光，光线中出现一个女神，女神踏在浪上，右肩有一只雪白的鸽子，手握海马龙法杖，他们惊奇的发现他们不再下沉，竟然还能在水中自由呼吸，“啊，这不是和平女神艾琳娜吗？她是真善美和平女神，原来妈妈跟我说的是真的，女神真的存在啊！”红凤凰惊喜道。
突然一阵眼花缭乱，他们竟然到了一处沙滩上，和平女神艾琳娜在空中对他们说道：“海龙，海风，你们的遭遇我已知晓，现在只要你们兄妹二人齐心和睦，方可离开这桂枝岛。”说完便消失不见。“兄妹？”两人同时喃喃自语，他们彼此望向对方，红凤凰缓缓摘下脸纱，彼此的瞳孔中映射出几分相似的面容，他们同时喊道：“哥哥（妹妹）！”只见那女子跟他一样肤色稍黑，眼瞳棕黄，正是自己失踪二十多年的妹妹海凤啊。
后来听妹妹说了经过，他才知道母亲和妹妹受了多大的苦楚。原来那次在人群众走散后，他们的母亲抱着海凤被海盗掳走到了海盗的藏身岛上，海盗头目独眼龙贪艳其母异域美色，强行霸占了她，他们的母亲担心才三岁的海凤只好忍受海盗的欺侮，后来海凤长到十三岁，容貌更胜其母，独眼龙便想对海凤伸其魔爪，最后居然被聪明的海凤设计杀死，而海凤因为眼见其母日夜以泪洗面，早已心智成熟堪比成人，更是从小便在岛上习武，杀了海盗头目后海盗们分崩离析各自为政，海凤便举旗独树一帜，以其过人的才智和武功招揽了大批手下，渐渐吞噬其他海盗最终成为南海较为出名的“红凤凰”海盗。
她们的母亲在看到女儿的成就后欣然自杀，死前留下遗书告之海凤身世，并让其找寻父亲海大贵和哥哥海龙，而她自己则无脸面对大贵只好以死谢罪。母亲还告诉她，海马凤玉佩有神奇的魔力，象征着东西方的文化融合，也象征着她和大贵的爱情。当海马凤和海马龙相遇主人有难时，会有一位和平女神相救，于是便把海马凤送给海凤以做护身符，要其贴身收藏。
海龙听后痛哭流涕，也将父亲死讯告之妹妹，两人齐声痛苦，双双面向大海拜倒，祭奠已故父母。就在他们拜倒之际，周身荧光闪闪，两人便消失不见，等他们睁开眼发现居然到了海龙的府邸，于是便再次拜谢女神艾琳娜。
后来海龙被调入京城面圣，海凤也跟着去了，明惠宗朱允炆看到海凤后非常喜欢，便招为嫔妃。后来明成祖朱棣叛乱，率军杀入皇宫，海龙海凤兄妹拼死保护……
