成为校长时的朱清时已经62岁，他说，打动他再出山的，是这些年从未放下的对中国教育改革的思索。“我们都是坐在火车里的人，突然发现火车走错方向了，但是这个时候谁也不敢跳车。去南科大，就是做实验。我把世界一流大学建校的理念和做法完全照搬过来，就是要试试这些东西在中国体制下会遇到什么困难。”
为教改点亮一盏灯
接受校长一职时，朱清时提出的第一个要求就是“去行政化”，由自己兼任党委书记。他想着能推行在中科大时无法进行的改革，能在南科大得到突破。他的理想，就是行政权力不介入学校管理，校领导不设任何行政级别，靠自身影响力和对社会的贡献，赢得认可。
作为一所历经3年才被批准“筹建”的大学，招生就是一步迈不过去的坎。“按照制度，从筹建到正式建校招生，需要1到5年时间。再从专科开始，升到本科，一步步申请硕士点、博士点，办成一所研究型大学，至少要二三十年。”朱清时继而决定“自主招生，自授文凭”，进而绕开高考及背后的整个教育体制。
南科大之于今天的高等教育，就像当年深圳之于中国经济，被寄予厚望，无怪乎舆论的关注。随后，首批“教改班”有4人退学，3名港科大教授退出，深圳市公开选拔正局级副校长，招生方案更改为“6+3+1模式（采用高考成绩占60%，南科大复试成绩占30%，高中平时成绩占10%）……这些都与建立南科大的初衷——去行政化、自主招生、自授学位背离，当南科大在改革实践中不得不做出诸多妥协时，对教改失望已久的人们再一次惋惜，“朱清时改革失败”的评论因此尘嚣直上，朱清时自然是不同意的，“都在一点点推进，只是推进速度慢，大家看了觉得不过瘾。”
南科大的教师陈锐认为学校在朝着目标稳步发展，也相信去行政化和自主招生等改革最终将实现。但因理念不同，撤出南科大核心团队的香港科技大学教授则认为，“去行政化”其实是个似是而非的伪概念，而“自主招生，自授文凭”也绝对不是高教改革的核心。高校的“自主招生权，自授文凭权”无异于只追求形式而忽略质量。
朱清时自然是掌握这些评价的，“尽管都没有最后成功，但做出了很实在的头几步。”
朱清时并不希望自己是南科大的形象代言人，如果说最初的“高调”是为了让社会知道南科大要做什么、怎么做。在大家知道之后，朱清时宁愿回归“低调”，更希望用一盏灯来形容这样的作用，“就像南科大校徽一样，点亮了一个火炬、一盏灯，影响了很多人的观念，把改革具体化，并都在做，做得还不坏，没有失败，就是很大的成功了。”
朱清时的四个瞬间
2009年，当为南科大遴选校长的猎头公司找到朱清时时，他正在故宫博物院当客座研究员。不久后，南科大筹建办主任梁北汉等人亲自拜访了他，希望他到深答辩。“我就跟他们说，我肯定不能去。因为我刚从中科大退休，就跑去竞聘一个岗位，中科大校友的感情会受到伤害。”
没想到，为照顾朱清时的这个“面子问题”，深圳真的把答辩环节取消了。朱清时终于被打动，答应出任南科大创校校长。
2010年6月，那正是南科大筹建最困难的时候——学校尚未获得批准，校园建设面临层层阻力。朱清时罕有地“发飙”，历数政府部门“多宗罪”：“我来是办学招人才的，如果连些基本条件都满足不了，我无法往前走了”。
朱清时说，政府请他来时，承诺了许多特殊政策。但到了深圳，他却发现自己的权力极小。比如学校楼顶漏水，“多么简单的事，赶紧叫人来修啊。但政府说不行，要先提出方案、报价、招标！”学校里的灭火器坏了要更新，报批；专家们入住简陋的学生宿舍，要求买个冰箱，还是要报批。后来，据说朱清时找到当时的深圳市领导“理论”，开了几次协调会，才终于争取到1000万元的机动经费。
再如，深圳市已完成南科大校园设计方案的招标：一栋栋高楼包围着矮山，到处都是连廊。朱清时看后坚决反对。他认为大学应该厚重、环保、实用，甚至自己邀请了一个校园规划顾问团。最后，深圳市府妥协，对旧方案进行了修改。朱清时事后回忆说，这涉及原则性问题，必须坚持，即使得罪人也会提出来。
一位当时参与招生说明会的家长说：“我们到得早，一开始只有几位家长，后来人越来越多，很多挤在过道里和门口。开完宣讲会，天已经全黑了。我们回去就决定填报这个学校。”一名学生家长说，改革总是要遭到争议的。但有朱校长在，她就有信心。深圳一所中学校长说，朱清时最大的贡献，是在平静的教育界掀起了一阵改革风波。
荣休之际朱清时变得轻松、洒脱。他坦言自己性格中的缺陷，比如不善于迎来送往，处事不够融通，得罪不少官员等。但在挥别这个“一生中最重要的事业”之际，他感觉到自己5年来的变化。比如他懂得身边人的辛苦，想起给他们写一封感谢信，甚至会宴请一些曾帮助过他的人。而这些，在中科大校长任上，他是绝不会做的。
我们已经为南科大建造了很好的基因
通常，高校学子参加世界性大赛，都以高年级或者研究生以上同学居多，且由老师组队并训练。在南科大，同学们都是自己报名，并无老师专门指导，即使赛场设在异国，亦自行前往。
朱清时说起这些就很自豪，“我们学校还有几个学生去参加国际数学竞赛，今年在保加利亚举行，全世界有600多个大学的学生参加。他们第一次参加，根本没有老师带，我们就资助路费。结果三个人都得奖。这说明我们学生自学能力特强。”
今年7月9日，南科大举行了首次学位评定委员会会议，被评定的毕业生只有两人，他们分别收到了牛津大学和英国伦敦大学学院、布里斯托大学的录取通知，决定提前毕业。
两名学生捧着墨绿封皮、烫金校徽的南科大自授文凭，与朱清时校长一起合影，这张照片曾被不少媒体刊登，曾挂在南科大官网最醒目的位置。
“我们教改实验班1/3以上的学生，在全世界任何大学，包括哈佛、牛津、麻省理工的本科生中间都是出类拔萃的。另外剩下的人中至少一半，在国内的高校中也都是很优秀的。即使是最后的这部分人，成绩不是太好，但他们如果毕业，也都会成为社会欢迎的人才。”相比聊自己，朱清时显然更愿意聊学生。
朱清时认为这也恰是南科大的成功，“学生通过这几年读书，热爱学习，热爱研究，而不是想去赚钱、工作。”我现在唯一能说的就是，这五年，我们已经为南科大建造了很好的基因。就像人一样，基因好，成长起来就可能变成一个很优秀的人。南科大的基因很好，肯定会发展成一所很优秀的高校，至于南科大今后是否在体制改革、教改等方面取得预期的目标，还看以后的努力。但不管南科大怎么发展，我认为只要加入南科大的学生，这几年在他们一生中都是宝贵的，因为他们正在亲身经历中国的这场高教改革实验。他们唯一的风险就是，因为学校刚成立，教学大纲、课程建设还不完善，这些对一个新成立的学校是很自然的事情。但教育最根本的规律不是教学大纲或课程设计，而是老师和学生的深入交流。如果学生有这么好的老师和研究条件，他们的创新能力会更强大。
时至今日，朱清时的名字早已成为中国教育改革的标志性符号。南科大的最终目标是建立现代大学制度，实现去行政化，学术独立、教授治校、自主招生、自授文凭。这是自威廉·洪堡建立现代大学制度以来，中国教育体制首次革命性的、具有标志意义的转变。从此意义上说，南科大就是中国教改的一块试验田和一个拓荒者，它的“孤独”可想而知。在既有的教育体制中，它既要尊重规则，又要突破规则；既要坚持，又要妥协：既要满怀梦想，又不能让梦想之火烧出边界。改革分寸之间的拿捏是如此微妙而不可言传，也许只有朱清时这样的人物才能掌控带着南科大实现突围。
最难的从来不是焕发理想主义热忱，而是将理想深植于现实的大地之上。这大概是朱清时最不同凡响之处。他的犀利与温和在渐进改革的道路上，以最大的耐心达成了坚定的平衡，带领着南科大在磕磕绊绊中一路风雨、步履不息。
