吴祯，定远人氏，最早之前叫吴国宝，后改名吴祯，字干臣。吴祯在没有参加起义之前，就以勇略而被人熟知。至正十二年的时候，与其兄吴良一起参加起义，投入到朱元璋麾下，成为朱元璋的帐前先锋。
吴祯胆略过人，常常更换便服到敌军阵营刺探消息，每每都有收获。参加起义之后，先后随朱元璋一起取得滁州、和州、采石、集庆、镇江等地的胜利。在这些战役中，屡立战功，受到朱元璋重用。
至正十七年，朱元璋命麾下大将常遇春率兵夺取池州，吴祯作为列将跟随。击溃敌方援军，攻占池州。因为在这场战役中，立下大功，吴祯因此被朱元璋任命为天兴翼副元帅。随后领命前往江阴一带，抵抗张士诚来军，守护江阴。
在这之后，吴祯勇猛作战，多次击败前来进攻的东吴军队，生擒敌将朱定，因功升英武卫亲军指挥使。
至正二十六年，朱元璋麾下另一员大将奉命攻打湖州，吴祯跟随前往。此战中，吴祯率军大败吴军，成功夺下湖州。后来徐达继续前行，吴祯留守湖州。
平江之战爆发之后，吴祯参战，攻破葑门、胥门，拿下平江，张士诚的东吴灭亡。事后论功行赏，吴祯升任大都督府佥事。
至正二十七年，吴祯为征南副将军，随汤和讨伐方国珍。方国珍也是起义领袖之一，后来接受元朝招降，带领水军与朱元璋等起义力量作战。在这场战役中，汤和和吴祯击溃敌军水坝，直抵敌军阵营，大破敌军。方国珍出逃海外，吴祯又追到盘屿与方国珍开展，最后成功逼降方国珍。
朱元璋后来建立明朝，建元洪武，是为明太祖。吴祯随后不久又破陈友定，再破兰秀山海口。回师之后，吴祯受到朱元璋嘉奖， 为吴王左相兼大都督府佥事。
洪武二年，明太祖朱元璋决定设立功臣庙，祭祀二十一位开国功臣。不管是死人生人，一起论功，死者塑其像，生者虚其位，吴祯与其兄吴良都位列其中。
洪武三年，吴祯被任命为靖海将军，前往沿海练兵，同时征讨沂州答山贼。朱元璋大封功臣之时，吴祯被封靖海侯，推为开国辅运推诚宣力武臣、荣禄大夫、柱国。
洪武五年，吴祯开始领命统领水军，督理海运。因为输送辽东粮饷无误，收复辽东未附之地，立下大功。
洪武七年，沿海倭寇入侵，吴祯为总兵官，率江阴四卫水军征讨。不仅成功击溃倭寇，还一直追到琉球附近，将倭寇人船全部俘虏。因为吴祯的关系，此后几年之内，沿海地区再没有倭寇作乱。
洪武十二年，吴祯病逝，终年五十二岁，追赠他为特进光禄大夫、左柱国、海国公，赐谥襄毅。洪武二十三年，胡惟庸案爆发，吴祯牵涉其中。后来吴祯被定为胡惟庸逆党中人，爵位被除。
