5月，中共中央在武汉成立了中央军委，周恩来任军委书记。作为中共中央在白区的组织工作和军事工作负责人，周恩来清醒地认识到：党在白区的活动是所谓“非法”的，只能采取更加隐蔽和秘密的方式进行斗争，党必须建立情报和安全保卫工作机构。因此，在严峻的形势下，为了保障党及组织的生存环境，有效地打击敌人、开展工作、保卫中央机关的安全，周恩来提议，在中央军委之下设立一个以情报保卫工作为重点的“特务工作处（科）”。
特务工作处成立后，积极开展活动，取得很大成果，周恩来曾如此评价：有了军委特务工作处这样的工作组织，我们党就掌握了敌人的主要动向，事先作了必要的准备，所以在汪精卫公开叛变之前，党就顺利地把部队撤出来了，避免了损失。这同“四一二”反革命事变时所处的被动局面是完全不同的。9月21日，中央军委特务工作处撤销，虽然仅仅存在了几个月，但是却为中央特科的成立奠定了基础。
