对于毛泽东发动的“文化大革命”运动，萧克很不理解。“文革”初期，周恩来为了保护萧克，曾秘密安排他到北京饭店躲了一个月。但是，随着林彪、康生、江青等煽动的无政府主义思潮愈演愈烈，萧克还是被农垦部的造反派揪到机关批斗，有些人让他头上戴高帽子、挂牌子，拉他到大街上游街。萧克极为愤慨，心想：当年土地革命时期，毛泽东发动贫苦农民用这种办法斗土豪劣绅，新中国成立10多年后，林彪、江青等人竟把这种办法用到革命者身上，真是太荒唐！
萧克回忆道：“那时候，我们这些人（王震、萧克、陈漫远）虽然还是中央委员，但是已完全被剥夺了发言权。我是欲哭无泪，欲诉无门。除了把愤怒和焦虑深深埋在心底外，我们又能做什么呢？！”“然而我深信多行不义必自毙，社会主义社会既然是人民的天下，终究要按照人民的意愿行事。”
后来，有一次机关造反派召开批斗会，诬蔑萧克一贯反对林彪，说他在四野和中南军区担任参谋长时，就不尊重林彪的领导，不与林彪配合，结果被撵出四野部队云云。有人来核实萧克反对林彪之事，萧克说：“在军队里像我这样的干部，工作安排是由中央军委和毛主席决定的，不是哪个人可以‘召之即来，挥之即去''的，他林彪当时还不是副主席呢，要不要我在四野和中南军区当参谋长，只有党中央、中央军委、毛主席才能决定！”
1969年林彪一号令下达后，中央机关的领导干部被疏散离开北京。农垦部也不例外。萧克、陈漫远等一大批部、局级干部，被送到江西云山“五七”干校。
林彪主持军委工作后，一直以“突出政治”为名，制造军政对立，强调政治可以冲击一切，“突出政治”的观点成为全面建设部队的指导思想。所谓突出政治，其实就是搞阶级斗争。在这种政治压力下，广大指战员心有余悸，顾虑重重，自然不敢抓军事训练。萧克认为军队毕竟是军队，不抓军事训练算什么军队。所以，萧克决心在军政大学彻底清除林彪“空头政治”的流毒，重新确立军校工作以军事教学为中心，要把军政大学办成像南京军事学院那样培养文武双全之才的全军最高军事学府，并推动全军军事训练。
后来，萧克和唐亮等经过不懈努力，终于完成这项艰巨使命，实现了刘伯承等老一辈革命家的夙愿。
有人问萧克：林彪的历史应怎么写？他回答说：实事求是，从历史实际出发，功是功，过是过，尊重历史事实。他主张撰写历史的人必须“誉人不增其美，毁人不益其恶”。要尊重历史，功过分明。
