后崇祯皇帝自尽，明朝灭亡，马士英、阮大铖等人在南京拥立福王登基，建立宏光政权，史称南明朝，当时闲居在家的钱谦益前往依附，位居礼部尚书。
清朝入关，横扫明朝势力，兵临城下，南明朝覆灭，钱谦益选择了依附清朝，入清廷为礼部侍郎。明史说他至启、祯时，准北宋之矩矱。不过因为明史是清朝编著，因此其评价带有一定的偏颇性，因而这个评价只能作为参考，而不能全信。
明万历十年，钱谦益在苏州府常熟县鹿苑奚浦出生，自幼聪慧，学有所成。万历二十六年，尚且只有十七岁的钱谦益，成为了17岁成为府学生员。十二年后，二十九岁的钱谦益参加进士试，高中为一甲三名进士，授翰林院编修。同年，父亲钱世杨去世，回乡丁忧守制。
天启元年，钱谦益任浙江主考官，转右春坊中允，参与修《神宗实录》。然而作为浙江主考官的钱谦益，在这一年却遇到了作为一个考官最不想面对的问题，那就是舞弊。当年浙江考场发生了严重的科举舞弊案件，事态严重，作为主考官的钱谦益牵连其中，遭到罚俸的处分。天启二年，称病告假，辞官归乡。
两年后，钱谦益再度入朝为官，为礼部侍郎，主要负责《神宗实录》的编纂工作，为东林魁首。明末之时阉党横行，专政擅权，将朝政搞的一塌糊涂，政治黑暗不堪。当时自称清流一派的东林党，与阉党形成敌对之势，两者间明争暗斗无数。因为阉党大多都是天子近臣，而明末的皇帝多数都带着那么点不务正业的特点，因此很多事情都交给阉党去做。皇帝与阉党有一种亲密关系，且多听信阉党谗言，因而在两派斗争中，东林党大多数都处于劣势，很多东林党官员都遭受到阉党的打击排挤。钱谦益作为东林党主要领袖之一，自然是阉党打击的重要对象。当时钱谦益受到以魏忠贤为首的阉党的排挤，于天启四年被革职回乡。
天启帝去世之后，信王登基，改元崇祯。崇祯帝一上台，便将矛头对准阉党，暗自蓄力，终于一举将以魏忠贤为首的派系清除干净。在崇祯元年的时候，钱谦益再度复出任礼部侍郎、翰林侍读学士，遭温体仁、周延儒排挤，被革职。此后，钱谦益好似歇了入仕的心思，在家乡闲散居住。
闲居在家的钱谦益，与秦淮名妓柳如是相识，并最终在他五十九岁的时候，抱得美人归，将23岁的名妓柳如是娶回家中。据说当时钱谦益当时对柳如是钟情不已，钦佩她的才华与性情吗，娶柳如是时许以的是正妻之位。两人的婚姻在当时受到了许多的非议，不过钱谦益全然不理，还在虞山为柳如是盖了壮观华丽的绛云楼和红豆馆，金屋藏娇。
崇祯十七年，李自成攻破北京，崇祯帝自缢身亡，明亡。在柳如是的资助下，钱谦益在南明朝廷谋了一个礼部尚书的官职。后来清军南下，兵临南京城，眼看明朝即将覆灭，颇具民族节气的柳如是劝说钱谦益与自己一同殉节。钱谦益不仅自己没有自缢殉节，还将一心殉节的柳如是拉住。
清军入城之时，钱谦益带着一干官员剃发降清，做了清朝的臣子。时人有诗钱公出处好胸襟，山斗才名天下闻。国破从新朝北阙，官高依旧老东林。 清廷任其为礼部右侍郎，北上充修《明史》副总裁，柳如是则留居南京，坚决不入北京。
清康熙三年，钱谦益八十三岁高龄去世，葬于虞山南麓。
